《史记·五帝本纪》虽有“黄帝崩，葬桥山。”的记载。但未指明具体时间和方位，给后世留下了一个千古难解之谜；又因为后世怀念黄帝对中华民族的贡献，或立主、建庙、置园而祭，或起土为陵而祀，使得陵、庙并不限于一地；还因为陵庙所在地政区变迁和文献记载失误，因而自汉以后关于黄帝陵、庙的具体地点就众说纷纭，莫衷一是。

我们认为，黄帝陵庙的所在地本属传说，在祖国的大地上多有出现，是可以理解的。值得注意的是，司马迁只有黄帝死后葬桥山的记载，而今天陕西省黄陵县桥山之巅的黄帝陵、庙，在唐代已被确定下来并列入祀典；宋、元两代再次肯定；明、清以来，珍存祭文碑刻；迄于今世，案卷可稽，在历史的长河中夺魁，声名也愈来愈显，其他传说中的黄帝庙均泯没无闻，不为后人所重视。

黄帝陵、庙建成之后，随着祭祀活动的开展，可以想见必有维修保护之举，但在早期缺乏记载。从宋李  《黄帝庙碑序》可知，唐代宗大历年间因陵置庙于城北桥山西麓，宋太祖开宝五年（公元972年）移建于今址。宋仁宗嘉佑六年（公元1061年）正月二十八日，祭扫黄帝陵回京的大臣说，桥山栽植松柏很多，而成活者少，历年损失大。于是仁宗命令坊州（今黄陵）委派专人维护，整旧栽新。当年就在桥山上种植柏树1415株。又抽调寇守文、王文政、杨遇3户人家，免除各种差役，专门守护。元泰定帝泰定二年（公元1325年），桥山黄帝陵的“保生宫”着火，并有人对陵、庙、森林进行破坏。

明太祖洪武四年，进一步考定黄帝陵确在陕西黄陵桥山，大兴百神之祀，在特遣专官祭奠之时，对黄帝陵进行了维修（见明刘仕《黄帝庙除免税粮记》。石碑见存黄帝庙碑廊）。世宗嘉靖四十二年，“兴平章侯，公出上郡，路经敝邑；邑侯雷请谒于庙。”见到庙中道人生活困难，即决定免除黄帝庙“地内之税”。此后，还对黄帝陵、庙进行了维修（见洪武四年《祭黄帝陵文》。石碑见存黄帝庙碑廊）。明天启元年窦如芳任中部令、崇桢年间万云路任中部令，见到黄帝庙受到破坏，先后进行了两次维修。

清代自世祖顺治八年“以帝命肇祀于庙”，到圣祖康熙六年，“岁久祀缺，庙遂颓败”。顺治、康熙时，曾对陵庙进行整修。雍正、乾隆也作过维修。

中华民国二十八年（公元1939年），陕西省政府令设“黄帝陵园管理处”，以中部县长兼主任（见蒋鼎文《重修黄帝陵庙碑记》。石碑见存黄帝庙碑廊）。是年秋对黄帝陵庙进行了维修，次年二月讫工。“凡大门、享殿、围墙，及匮缺者，均加葺补。”同时对庙产地亩进行了清理。查得庙产地共计一百二十一亩。三十三年，建筑了陵园祭亭，前树蒋中正题《黄帝陵》碑，制备固定器、额联等，以示庄严隆重。

1949年中华人民共和国成立。1955年，毛泽东主席在陈嘉庚先生向他反映陕西轩辕黄帝陵陵山荒芜、庙宇残破、无人看管……的信上批示说：“我看陈先生的提议是有道理的。”并把信转给国务院总理周恩来，请其责成有关机关作出处理。在毛泽东主席和周恩来总理的直接关怀下，黄帝陵被整修一新。当年在当地还专门成立了黄陵文物管理所。尔后，党和政府曾多次拨款维修黄帝陵、庙。比如，1959年至1961年，陕西省人民政府拨款155000元，整修黄帝庙大殿和修建过亭。

在“文化大革命”期间，黄帝陵、庙一度无人管护，受到一定程度破坏。

1978年十一届三中全会以来，陕西省政府将黄帝陵列为重点维护整修单位。陕西省政府、陕西省文物局、陕西省旅游局，国家文物局先后投资维护整修，港、澳、台同胞和海外侨胞亦有捐款，进行局部整修。
1990年4月中共中央政治局常委李瑞环同志提出了整修黄帝陵的任务，新的工作开始了。1992年5月，国务委员李铁映同志视察黄帝陵，对整修如何进行，提出了建议。